東海大學自民國四十四年由亞洲基督教高等教育聯合董事會創立以來，即非常重視人文與宗教領域的教學與研究。立基於此一傳統，早在民國八十年初，本校即有設立宗教研究所或基督教研究所之議，歷經十年之規劃與籌設，本所於民國九十年正式成立碩士班，以培養宗教學術及宗教與社會等跨領域的整合研究人才。由於東海大學在人文、社會及其他領域的基礎研究人才與成果均極為豐富，本所在師資聘任與課程開授方面，得以朝多元化的方向規劃，並提供豐富的資訊開拓學生研究視野。本所教學與研究的重點有四：
（一）培養宗教學術之跨領域的整合研究
（二）本土基督教學術研究
（三）宗教機構發展、教育、管理與服務
（四）生命教育研究與教學之人才
除此之外，本所也將致力於基督教與台灣諸宗教之間學術性的比較與對話，促進台灣諸宗教間的彼此瞭解與相互尊重。