本所在現階段將以培養跨領域的基督教研究人才為主，未來兩年內，本所計劃集合台灣、香港、中國大陸及海外華人研究基督教的學者，共同出版基督教研究的學術期刊，並舉辦多場國際性的宗教學術研討會。預期在短期內使本所成為亞洲及華人基督教研究的學術重鎮，在課程安排方面亦將逐漸充實學生對本土與亞洲各宗教的瞭解，同時採理論與應用並重的設計，期使學生具有多方面的專長，以適應社會多面向的需求。宗教作為人類文化根本的組成要素，人類生活的許多面向均與宗教具有緊密的相關性。本所培養學生對宗教的研究採宏觀與尊重的態度去探討、瞭解，並能欣賞不同人群社會中不同的宗教文化，進一步促進各宗教團體間的討論與合作，共同創造一個更祥和安適的社會。